Theo báo cáo của Ủy ban nhân dân thành phố Hội An, Chùa Cầu là một công trình có giá trị đặc biệt, là biểu tượng đặc trưng của đô thị Hội An. Trong khoảng 400 năm tồn tại, kể từ khi khởi dựng, dù được bao thế hệ chính quyền và cư dân Hội An quan tâm gìn giữ, trùng tu, song Chùa Cầu cũng không thể tránh khỏi sự xuống cấp như bao công trình gỗ khác. Trải qua nhiều giai đoạn lịch sử, chịu tác động của thời gian, môi trường, nhất là ảnh hưởng của bão lũ hàng năm, công trình đã bị hư hỏng nghiêm trọng, cần phải được tu bổ khẩn cấp toàn bộ di tích: hạ giải hệ mái ngói âm dương, hạ giải hệ khung gỗ, gia cố hệ móng, mố, trụ, tu bổ hệ đà sàn, khung và mái; gia cố hệ móng, mố, trụ (phần còn lại); các hạng mục phụ trợ, tôn tạo cảnh quan... Ngày 28/12/2022, di tích Chùa Cầu được khởi công tu bổ với tồng kinh phí hơn 20,2 tỷ đồng.

Đến nay, sau 19 tháng khởi công tu bổ, nhờ làm tốt công tác chuẩn bị dự án với một quá trình triển khai công phu, kỹ lưỡng cùng với khối lượng công việc rất lớn và kết quả đạt được quan trọng trên nhiều lĩnh vực gồm: nghiên cứu khoa học; khảo sát thực địa, tư liệu hóa kiến trúc; tọa đàm, tham vấn chuyên gia,... đã tạo tiền đề rất quan trọng để Dự án được triển khai một cách thuận lợi với những công việc, phương pháp và mục tiêu cụ thể. Nhờ thế, hầu hết các nội dung quy mô đầu tư, hạng mục công việc đều được triển khai và hoàn thành cơ bản theo đúng thiết kế được duyệt.

Theo báo cáo của đơn vị thi công, hình dáng của kiến trúc, cấu trúc của kết cấu Chùa Cầu, từ tổng thể đến chi tiết được bảo tồn gần như nguyên vẹn; hình thái kiến trúc Chùa Cầu sau khi tu bổ hầu như không thay đổi, từ nét uốn cong mềm mại, uyển chuyển của của diềm mái, lan can, sàn cầu; hình thức vững chãi, chắc chắn của hệ kết cấu khung trính chồng trụ đội đến từng chi tiết đấu củng, con ke, họa tiết hoa văn trang trí,… đều được giữ vẹn nguyên như lúc ban đầu.

Chùa Cầu sau khi tu bổ được bảo tồn tối đa các giá trị nguyên gốc. Trong sự nguyên vẹn của tổng thể hình thức kiến trúc và kết cấu, từng bộ phận, cấu kiện, hiện vật nguyên gốc, có giá trị lịch sử được trân quý gìn giữ ở mức tối đa có thể. Di tích Chùa Cầu đã được khắc phục gần như triệt để các khiếm khuyết, gia cường đáng kể sự chắc chắn, đảm bảo sự ổn định, bền vững để tiếp tục trường tồn cùng di sản văn hóa Hội An. Chân móng mố, trụ cầu đã được bơm vữa, keo gia cố các vết nứt, đổ bê-tông lèn lấp các khoảng trống do bị dòng nước chảy xói lở, ăn mòn và phủ toàn bộ mặt đáy lòng mương bằng bê-tông để hạn chế nguy cơ tiếp tục hư hỏng về sau. Hệ đà dầm sàn được phục hồi toàn bộ các bộ phận bị mất hoặc hư hỏng, trả lại đầy đủ hệ kết cấu theo nguyên bản, đảm bảo sự ổn định, bền vững của bản thân nó cũng như góp phần tăng cường sự chắc chắn cho hệ mố trụ đá bên dưới lẫn hệ khung gỗ bên trên. Kết cấu khung gỗ chịu lực của cả phần chùa và phần cầu được khắc phục tình trạng nghiêng, lún, xử lý triệt để các khiếm khuyết, hư hỏng của bản thân từng cấu kiện cũng như các mối liên kết giữa chúng với nhau, tạo nên cấu trúc hệ khung "thượng thu, hạ thách" tăng sự vững chãi, ổn định cho di tích.

Bên cạnh bảo tồn, giữ gìn giá trị di tích, Dự án cũng đã thực hiện đồng bộ việc đầu tư nâng cấp hạ tầng cảnh quan, môi trường xung quanh cũng như cơ sở vật chất, trang thiết bị đảm bảo an ninh, an toàn và phục vụ phát huy hiệu quả, lâu dài giá trị di tích.

Phát biểu tại lễ khánh thành, ông Nguyễn Văn Sơn - Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố Hội An khẳng định: Đây là lần đầu tiên mà công trình tu bổ di tích được "giải phẫu mở", thực hiện giữa một lòng đô thị Di sản du lịch nhộn nhịp, người dân và du khách được quan sát, tiếp cận và theo dõi, tìm hiểu toàn bộ quá trình thực hiện tu bổ di tích Chùa Cầu. Việc xây dựng nhà bao che chắn đảm bảo quá trình nghiên cứu, thi công tu bổ di tích không bị ảnh hưởng bởi yếu tố hạn chế mặt bằng, thời tiết cũng như các cấu kiện di tích sau khi được tháo dỡ được bảo quản trong tình trạng tối ưu cũng là một điểm đặc biệt đáng biểu dương của dự án này.